衛生署長楊志良的請辭風暴還沒落幕，法務部長王清峰拋出「廢除死刑說」引發的爭議又重創內閣。據悉，府院黨早在11日下午就為「王清峰是保不住了」，當時與王有共識，在府方開完記依法行政記者會後，王就召開記者會宣布請辭，沒想到王居然強調釋憲立場無意請辭，於是當日晚間，馬親自將王找進府內溝通，王清峰終於請職。
值得一提的是，在行政院方面通知記者王清峰已口頭請辭之際，國民黨團多位立委也接到政院高層電話，告知「此事已經處理了，請大家不要擔心。」顯示府院黨一致危機控管，快刀斬亂麻，希望「廢死」風暴不要在12日繼續延燒。
據《中國時報》報道，為了「廢死」風暴，馬英九當日下午要求王清峰進府請瞭解情形，告知她目前府院立場仍不願升高此爭議，希望能低調化解，以「依法行政」危機處理。
王清峰則認為，她之所以不執行死刑，是因為有14名死刑犯已聲請大法官釋憲，在釋憲案出爐前，不會執行死刑，也是依法行政。就此，王清峰認為無辭職的必要。
不過，當晚府院高層觀察輿論風向，發現就算強調「依法行政」，談話性節目仍炮聲隆隆，最重要的關鍵是各家電視台的電話民調竟然都以高達1：9的懸殊比例，反對法務部不執行死刑。
除此輿論風向外，吳敦義當晚與黨籍立委餐敘時，除了普查立委對廢除死刑的態度之外，還在席間詢問秘書長林中森，「法務部的記者會情況如何」。在場立委轉述，得知王清峰並沒有請辭，吳敦義看起來心情沉重。
直到晚間7點多仍未接到王清峰任何回應，但行政院幕僚仍在院內待命，顯示高層早就心意已決，「授意」王清峰「主動請辭」。